Prowadzone badania oraz usługi świadczone przez Instytut Roślin i Przetworów Zielarskich i wynikające z tego tytułu zobowiązania kontraktowe, konkurencyjny i specyficzny charakter funkcjonowania w warunkach wolnorynkowych sprawiają, że wymagania odnośnie jakości odgrywają bardzo ważną rolę zarówno w procesie prowadzenia badań, wytwarzania oraz handlu.

Warunkiem zapewnienia wysokiego poziomu jakości świadczonych usług jest klarowna organizacja Systemu Zarządzania Jakością zgodna z PN-EN ISO 9001:2001, który obejmuje swoim zakresem komórki organizacyjne i cały obszar działalności IRiPZ.

Systemy zarządzania jakością zgodnie z powyższą normą odnoszą się do: kontaktu z Klientem, zamówień na wykonywanie usług w zakresie: oceny farmakognostycznej oraz fitochemicznej surowców i leczniczych produktów roślinnych, przygotowywania raportów eksperta i opinii dla produktów leczniczych i żywnościowych, a także badania metod uprawy i hodowli, badań z zakresu mikrobiologii, genetyki, jak również uzgodnieniami wymagań w stosunku do powyższych czynności oraz ich realizacji.

Instytut spełnia wymagania Dobrej Praktyki Wytwarzania (GMP - Good Manufacturing Practice) w zakresie kontroli jakości zgodnie ze standardami i wymaganiami związanymi ze specyfikacją produktu leczniczego oraz Dobrej Praktyki Eksperymentalnej w zakresie prowadzenia badań skuteczności środków ochrony roślin (herbicydy).

Dobra Praktyka Eksperymentalna (GEP - Good Experimental Practice) obejmuje Zakład Botaniki, Hodowli  i Agrotechniki w zakresie prowadzenia badań skuteczności środków ochrony roślin (herbicydy).
Instytut posiada upoważnienie Głównego inspektora Ochrony Roślin i Nasiennictwa do prowadzenia badań skuteczności działania środka ochrony roślin.
BH spełnia warunki organizacyjno-techniczne zwane Dobrą Praktyką Eksperymentalną zapewniające prawidłowe przeprowadzanie badań skuteczności środka ochrony roślin.